Keanggotaan Pelkesi menyebar di seluruh tanah Indonesia meliputi: Yayasan atau Badan di bidang kesehatan, rumah sakit, balai pengobatan, rumah bersalin, balai kesejahteraan ibu dan anak, lembaga pendidikan kesehatan, pabrik obat dan para profesional (individu) di bidang kesehatan.

Secara administrasi Wilayah pelayanan Pelkesi dibagi dalam 5 Wilayah koordinasi, yaitu:

1. Wilayah I (seluruh Sumatera kecuali Lampung).
2. Wilayah II (Lampung, Jawa Barat, Jakarta dan Kalimantan, kecuali Kalimantan Timur)
3. Wilayah III (Jawa Tengah, Yogyakarta, Jawa Timur, Bali, Nusa Tenggara Timur, Nusa Tenggara Barat)
4. Wilayah IV (Sulawesi, Maluku, Maluku Utara, Kalimantan Timur)
5. Wilayah V (Papua)

Yang diterima sebagai anggota adalah insan Kristen yang menerima visi, misi, azas, tujuan dan bersedia menjalankan usaha organisasi. Anggota terdiri dari:

a.  Anggota biasa
Anggota biasa, yaitu:

1. Gereja, Yayasan atau Badan pemilik Usaha / Unit Pelayanan Kesehatan
2. Unit Pelayanan Kesehatan
3. Institusi Penunjang

b.  Anggota luar biasa
Anggota Luar Biasa, yaitu:

1. Perorangan yang memiliki minat atau bergerak dalam bidang pelayanan kesehatan Kristen di Indonesia.
2. Warga negara asing yang beragama Kristen, telah dewasa, memiliki ijin kerja, tinggal di Indonesia; dan memiliki minat dan aktivitas pelayanan kesehatan Kristen di Indonesia.

c.  Anggota kehormatan
Anggota Kehormatan, yaitu perorangan yang dianggap berjasa dalam pengembangan pelayanan kesehatan Kristen di Indonesia dan atau pengembangan organisasi.

Persyaratan Anggota

a.    Anggota Biasa

1. Yayasan/Badan/Unit Pelaksanaan Kesehatan/Institusi Penunjang Kristen, yang sah secara hukum di Indonesia.
2. Bergerak secara langsung ataupun tidak langsung dalam pelayanan kesehatan Kristen.

b.    Anggota Luar Biasa

1. Menyetujui Tujuan dan Usaha Organisasi
2. Beragama Kristen
3. Memiliki minat dan akitivitas dalam bidang pelayanan kesehatan di Indonesia.

c.    Anggota kehormatan:

1. Menyetujui tujuan dan usaha organisasi.
2. Memiliki pengalaman dalam pelayanan kesehatan.
3. Berjasa dalam pengembangan pelayanan kesehatan.

Hak anggota :

1. Anggota biasa mempunyai hak suara, hak memilih, dan hak dipilih.
2. Anggota luar biasa mempunyai hak dipilih dan hak usul.
3. Anggota kehormatan mempunyai hak usul.

Kewajiban anggota :

1. Anggota berkewajiban dan bertanggung jawab mewujudkan tujuan dan melaksanakan usaha
   organisasi.
2. Anggota berkewajiban untuk membayar iuran dalam mewujudkan tujuan dan melaksanakan usaha organisasi.